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謎の巨人たちにより捕食され、存亡の危機に瀕した人類。
生き残った人々は、巨大な壁の内側で安全を得るに至った。
隔絶された平和を享受しておよそ１００年・・・
城郭都市の外縁地区「ウォール・マリア」より突出したシガンシナ区にて父と母、幼馴染のミカサ・アッカーマンと暮らす少年エレン・イェーガーは幼い頃から「壁の外に出て世界を探検すること」を夢見ていた。
強大な力を持つ超大型巨人の出現により壁が崩され、多数の巨人が市街地に侵入。
絶望的な戦いの中、母と生家を喪ったエレンは巨人の駆逐を決意する。
それから５年・・・再び超大型巨人が出現。
兵士たちは次々と命を落とし、新兵のエレンも捕食されてしまう。
戦況は悪化の一途を辿る中、突如巨人を攻撃する巨人が現れ、その体内にいたのは死んだはずのエレンだった。
シガンシナ区奪還を目指すエレンだが、未曾有の存在となった彼の前途には、困難の壁が数多く立ち塞がっていた‥‥。