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舞台は江戸時代末期。「天人（あまんと）」と呼ばれる異星人達が襲来した。

地球人と天人との間に十数年にも及ぶ攘夷戦争が勃発。

天人の絶大な力に、幕府は天人の侵略を受け入れ開国してしまう。

幕府は天人による傀儡政権となり、天人達が我が物顔で江戸の街を闊歩するようになった。

天人の襲来から20年後、剣術道場の跡取りで若輩ながら古風な侍気質を持つ志村新八は、剣術を生かす道もなく、意に沿わないアルバイトで生計を立てていた。

そんな新八の前に、未だに変わらない侍魂を持った男、一人の侍が現れる。
その名も坂田銀時。

銀時の男気に惹かれた新八は、侍の魂を学ぶために彼の営業する万事屋で働き出す。

やがて万事屋には、戦闘種族である夜兎族の神楽や巨大犬の定春などが転がり込んでくる。

そして、万事屋ゆえに江戸のあらゆる依頼事（やっかいごと）に首を突っ込むようになった銀時達は、江戸の治安を預かる真選組や、かつて銀時の盟友であった侍達等、様々な人間や天人達と関わり合っていくことになる。